企業がマイナンバー法に準拠して法定調書の提出をしようとした場合、まずは従業員からマイナンバーを教えてもらわないといけないということになると思います。ただ会社のことが信頼できないとか、この制度がきらいだとか、通知カードを無くしたとかで、番号を提出しない人が必ず出てくるはずです。こういった場合でも企業が法律違反を犯したことになってしまうのでしょうか。
マイナンバーの利用義務はマイナンバー法では無く、法定調書の提出を義務付ける各法令に基づきます。現在の所、企業側として従業員に対して提出をちゃんと促したけれども、それでも従業員が開示をしない場合に、企業が何らかの制裁を受けるといったことは無いとされています。ただ企業が収集していないから無いのか、本人が拒んだから無いのかをちゃんと区別できるよう記録を残しておかないといけません。